vol2Brain: A New Online Pipeline for Whole Brain MRI Analysis

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Autores de IIS La Fe

Participantes ajenos a IIS La Fe

  • Manjón JV
  • Romero JE
  • Vivo-Hernando R
  • Rubio G
  • de la Iglesia-Vaya M
  • Coupé P

Abstract

Automatic and reliable quantitative tools for MR brain image analysis are a very valuable resource for both clinical and research environments. In the past few years, this field has experienced many advances with successful techniques based on label fusion and more recently deep learning. However, few of them have been specifically designed to provide a dense anatomical labeling at the multiscale level and to deal with brain anatomical alterations such as white matter lesions (WML). In this work, we present a fully automatic pipeline (vol2Brain) for whole brain segmentation and analysis, which densely labels (N > 100) the brain while being robust to the presence of WML. This new pipeline is an evolution of our previous volBrain pipeline that extends significantly the number of regions that can be analyzed. Our proposed method is based on a fast and multiscale multi-atlas label fusion technology with systematic error correction able to provide accurate volumetric information in a few minutes. We have deployed our new pipeline within our platform volBrain (www.volbrain.upv.es), which has been already demonstrated to be an efficient and effective way to share our technology with the users worldwide.

Copyright © 2022 Manjón, Romero, Vivo-Hernando, Rubio, Aparici, de la Iglesia-Vaya and Coupé.

Datos de la publicación

ISSN/ISSNe:
1662-5196, 1662-5196

Frontiers in Neuroinformatics  Frontiers Media S.A.

Tipo:
Article
Páginas:
862805-862805
Factor de Impacto:
1,111 SCImago
Cuartil:
Q1 SCImago

Citas Recibidas en Web of Science: 12

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Keywords

  • MRI; analysis; brain; cloud; segmentation

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2019-078-1_CRC_SENR_APARICI . SOCIEDAD ESPAÑOLA DE NEURORRADIOLOGÍA . 2019

ESTUDIO MULTICÉNTRICO, DOBLE CIEGO, CONTROLADO POR PLACEBO, ALEATORIZADO, DE GRUPOS PARALELOS, PARA EVALUAR LA SEGURIDAD Y LA EFICACIA DE NATALIZUMAB INTRAVENOSO (BG00002) PARA REDUCIR EL VOLUMEN DEL INFARTO EN EL ACCIDENTE CEREBROVASCULAR ISQUÉMICO AGUDO .

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101SK201 . 2014

ESTUDIO INTERNACIONAL DE FASE 2, ALEATORIZADO, DOBLE CIEGO, CONTROLADO CON PLACEBO, DE BÚSQUEDA DE DOSIS ADAPTADA A LA RESPUESTA, DE BMS-986177, UN INHIBIDOR DEL FACTOR XIA ORAL, PARA LA PREVENCIÓN DE UN NUEVO CASO DE ICTUS ISQUÉMICO O DE RE-INFARTO CEREBRAL SILENTE EN PACIENTES TRATADOS CON ASPIRINA Y CLOPIDOGREL DESPUÉS DE UN ICTUS ISQUÉMICO AGUDO O UN ACCIDENTE ISQUÉMICO TRANSITORIO (AIT).

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CV010031 . 2019

A PROSPECTIVE, MULTI-CENTER, SINGLE ARM STUDY TO OBTAIN “REAL WORLD” CLINICAL DATA AND CHARACTERIZE THE ACUTE AND LONG-TERM PERFORMANCE OF THE MICRUSFRAME AND GALAXY COILS INCLUDING THE PULSERIDER ANEURYSM NECK RECONSTRUCTION DEVICE FOR THE ENDOVASCULAR TREATMENT OF INTRACRANIAL ANEURYSMS.

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CMV_2017_01 . 2019

ESTUDIO FASE 3B ABIERTO, MULTICÉNTRICO Y DE SEGURIDAD PARA BIIB037 (ADUCANUMAB) EN SUJETOS CON ENFERMEDAD DE ALZHEIMER QUE PARTICIPARON PREVIAMENTE EN LOS ESTUDIOS DE ADUCANUMAB 221AD103, 221AD301, 221AD302 Y 221AD205.

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221AD304 . 2020

ESTUDIO DOBLE CIEGO, DE GRUPOS PARALELOS, CONTROLADO CON PLACEBO, DE 18 MESES DE DURACIÓN, CON UNA FASE DE EXTENSIÓN ABIERTA, PARA CONFIRMAR LA SEGURIDAD Y EFICACIA DE BAN2401 EN SUJETOS CON ENFERMEDAD DE ALZHEIMER EN ETAPA INICIAL.

Investigador Principal: MIGUEL BAQUERO TOLEDO

BAN2401-G000-301 . 2019

ENSAYO FASE II DE BÚSQUEDA DE DOSIS, MULTICÉNTRICO, ALEATORIZADO, CONTROLADO CON PLACEBO, DOBLE CIEGO Y DE GRUPOS PARALELOS, PARA EVALUAR LA EFICACIA Y LA SEGURIDAD DE BAY 2433334 EN PACIENTES DESPUÉS DE UN ICTUS AGUDO ISQUÉMICO NO CARDIOEMBÓLICO

Investigador Principal: JOSÉ IGNACIO TEMBL FERRAIRO

20603 . 2020

ESTUDIO FASE 3, ALEATORIZADO, A DOBLE CIEGO, DE QUIMIOTERAPIA NEOADYUVANTE MÁS NIVOLUMAB FRENTE A QUIMIOTERAPIA NEOADYUVANTE MÁS PLACEBO, SEGUIDO POR RESECCIÓN QUIRÚRGICA Y TRATAMIENTO ADYUVANTE CON NIVOLUMAB O PLACEBO EN PARTICIPANTES CON CÁNCER DE PULMÓN NO MICROCÍTICO EN ESTADIO II-IIIB, RESECABLE.

Investigador Principal: ÓSCAR JOSÉ JUAN VIDAL

CA209-77T . 2019

A multicentre single arm phase II trial assessing the efficacy of immunotherapy, chemotherapy and stereotactic radiotherapy to metastases followed by definitive surgery or radiotherapy to the primary tumour, in patients with synchronous oligo-metastatic nonsmall cell lung cancer.

Investigador Principal: ÓSCAR JOSÉ JUAN VIDAL

ETOP 14-18 CHESS . 2020

ESTUDIO DE FASE 3 ABIERTO, ALEATORIZADO Y MULTICÉNTRICO PARA COMPARAR LA EFICACIA DE TAK-788 COMO TRATAMIENTO DE PRIMERA LÍNEA FRENTE A QUIMIOTERAPIA A BASE DE PLATINO EN PACIENTES CON CÁNCER DE PULMÓN NO MICROCÍTICO CON MUTACIONES DE EGFR POR INSERCIÓN EN EL EXÓN 20.

Investigador Principal: ÓSCAR JOSÉ JUAN VIDAL

TAK-788-3001 . 2020

A PHASE III CLINICAL TRIAL OF ADJUVANT CHEMOTHERAPY VS CHEMO-IMMUNOTHERAPY FOR STAGE IB-IIIA COMPLETELY RESECTED NON-SMALL CELL LUNG CANCER (NSCLC) PATIENTS.

Investigador Principal: ÓSCAR JOSÉ JUAN VIDAL

GECP 20/05 . 2021

ESTUDIO DE FASE 3 SOBRE LA EFICACIA Y LA SEGURIDAD DEL ATALURENO (PTC124) EN PACIENTES CON DISTROFINOPATÍA POR MUTACIÓN TERMINADORA.

Investigador Principal: JUAN JESÚS VÍLCHEZ PADILLA

PTC124-GD-020-DMD . 2013

EFICACIA Y SEGURIDAD DE LA TROMBÓLISIS ENDOVENOSA BASADA EN CRITERIOS RESONANCIA MAGNÉTICA EN EL ICTUS DEL DESPERTAR: ENSAYO CLÍNICO, ALEATORIZADO, DOBLE CIEGO CONTROLADO CON PLACEBO.

Investigador Principal: JOSÉ IGNACIO TEMBL FERRAIRO

WAKE-UP . 2014

ESTUDIO EN FASE III, ALEATORIZADO, CON DOBLE ENMASCARAMIENTO Y CONTROLADO CON PLACEBO SOBRE LA LISIS DE TROMBOS COMBINADA CON ULTRASONIDOS Y EL ACTIVADOR TISULAR DEL PLASMINÓGENO (TPA) SISTÉMICO PARA LA REVASCULARIZACIÓN EMERGENTE (CLOTBUST-ER) EN EL ICTU S ISQUÉMICO AGUDO. (CLOTBUSTER COMBINED LYSIS OF THROMBUS WITH ULTRASOUND AND SYSTEMIC TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR (TPA) FOR EMERGENT REVASCULARIZATION).

Investigador Principal: JOSÉ IGNACIO TEMBL FERRAIRO

CP-01

Estudio en fase II, aleatorizado, de relatlimab más nivolumab en combinación con quimioterapia frente a nivolumab en combinación con quimioterapia como tratamiento de primera línea para los participantes con cáncer de pulmón de células no pequeñas (CPCNP) en estadio IV o recurrente.

Investigador Principal: ÓSCAR JOSÉ JUAN VIDAL

CA224-104 . 2021

Estudio Fase IIIB, multicéntrico, de un solo brazo de atezolizumab en combinación con bevacizumab para investigar la seguridad y la eficacia en pacientes españoles diagnosticados de carcinoma hepatocelular irresecable o no suspectible de tratamientos locorregionales no tratado previamente con terapia sistémica.

Investigador Principal: ROBERTO PEDRO DÍAZ BEVERIDGE

ML42600 . 2021

Nivolumab e Ipilimumab más dos ciclos de quimioterapia basada en platino como tratamiento de primera línea para pacientes con cáncer de pulmón no microcítico (CPNM) estadio IV o recurrente con metástasis cerebrales sincrónicas.

Investigador Principal: ÓSCAR JOSÉ JUAN VIDAL

GECP21/02 . 2021

Estudio fase III, abierto, aleatorizado y multicentrico con 3 grupos de tratamiento de savolitinib más durvalumab frente a sunitinib y durvalumab en monoterapia en participantes con carcinoma de células renales papilares (CCRP) irresecable y localmente avanzado o metastásico causado por mutación en MET (SAMETA).

Investigador Principal: REGINA GIRONÉS SARRIÓ

D5086C00001 . 2021

Ensayo de Fase 3, Abierto, Aleatorizado y Multicéntrico para Evaluar la Eficacia y Seguridad de Trastuzumab Deruxtecan como Tratamiento de Primera Línea en Cáncer de Pulmón No Microcítico, no Resecable y localmente Avanzado o Metastásico que presenta mutación del Exon 19 o 20 de HER2 (Destiny-Lung04).

Investigador Principal: ÓSCAR JOSÉ JUAN VIDAL

D967SC00001 . 2022

Estudio aleatorizado, multicéntrico y multinacional, con doble enmascaramiento y controlado con placebo, con grupos paralelos, de dosis única y diseño adaptativo para evaluar la eficacia y seguridad del glenzocimab utilizado como tratamiento complementario al tratamiento habitual en las 4,5 horas siguientes a un ictus isquémico agudo.

Investigador Principal: JOSÉ IGNACIO TEMBL FERRAIRO

ACT-CS-005 . 2021

Estudio de fase I/II, abierto y multicéntrico para determinar la dosis y la pauta recomendadas y evaluar la seguridad y la eficacia preliminar del CC-92480 en combinación con tratamientos estándar en sujetos con mieloma múltiple en recaída o refractario (MMRR) y mieloma múltiple de nuevo diagnóstico (MMND)”.

Investigador Principal: JAVIER DE LA RUBIA COMOS

CC-92480-MM-002 . 2022

Estudio en fase III abierto y aleatorizado del tratamiento combinado de amivantamab y lazertinib con quimioterapia basada en platino en comparación con quimioterapia basada en platino en pacientes con cáncer de pulmón no microcítico con mutación del EGFR localmente avanzado o metastásico tras el fracaso de osimertinib.

Investigador Principal: ÓSCAR JOSÉ JUAN VIDAL

61186372NSC3002 . 2022

Estudio Fase 3, aleatorizado, doble ciego de Inmunoterapia en adyuvancia con Relatlimab y Nivolumab en combinación a dosis fija frente a Nivolumab en monoterapia en pacientes con melanoma estadio III-IV tras resección completa.

Investigador Principal: ROBERTO PEDRO DÍAZ BEVERIDGE

CA224-098 . 2022

Estudio de fase 2, multicéntrico y abierto de sotorasib (AMG 510) en sujetos con CPNM en estadio IV cuyos tumores presentan mutación del KRASG12C que requieren tratamiento de primera línea (CodeBreaK 201).

Investigador Principal: ÓSCAR JOSÉ JUAN VIDAL

20190288 . 2022

RICORS-ICTUS

Investigador Principal: JUAN BAUTISTA SALOM SANVALERO

RD21/0006/0014 . INSTITUTO DE SALUD CARLOS III . 2022

ENSAYO CLÍNICO ALEATORIZADO MULTICÉNTRICO PARA VALORAR EFICACIA Y SEGURIDAD DE TIROFIBAN VERSUS ASPIRINA INTRAVENOSA EN PACIENTES CON ICTUS ISQUÉMICO AGUDO SECUNDARIO A LESIÓN EN TÁNDEM, SOMETIDOS A TERAPIA DE RECANALIZACIÓN MEDIANTE TRATAMIENTO ENDOVASCULAR.

Investigador Principal: IRENE MARÍA ESCUDERO MARTÍNEZ

ATILA-ictus-2021 . 2022

Estudio de fase III, aleatorizado, doble ciego, de grupos paralelos para evaluar la eficacia y seguridad de la administración subcutánea de depemokimab 100 mg en pacientes con rinosinusitis crónica con poliposis nasal (RSCcPN) - ANCHOR-2 (Depemokimab en Rinosinusitis Crónica)

Investigador Principal: MIGUEL ARMENGOT CARCELLER

218079 . 2022

Reducción en los niveles de metotrexato (MTX) después del tratamiento con dosis reducidas de glucarpidasa en pacientes con linfoma B difuso de célula grande (LBDCG) con riesgo de afectación del sistema nervioso central (SNC) que reciben ciclos de HDMTX: estudio multicéntrico, abierto, intervencionista, no aleatorizado, fase 2, piloto.

Investigador Principal: ISIDRO JARQUE RAMOS

MDA-BTG-2020-01 . 2022

Estudio aleatorizado, doble ciego con doble enmascaramiento y grupos paralelos en el que se compara la eficacia y seguridad de remibrutinib 100 mg b.i.d. frente a teriflunomida 14 mg q.d. en participantes con esclerosis múltiple recurrente, seguido de una extensión abierta del tratamiento con remibrutinib.

Investigador Principal: FRANCISCO CARLOS PÉREZ MIRALLES

CLOU064C12302 . 2022

TiNivo-2: Estudio en fase III, aleatorizado, controlado, multicéntrico y abierto para comparar Tivozanib en combinación con Nivolumab con Tivozanib en monoterapia en sujetos con carcinoma de células renales que han progresado tras una o dos líneas de tratamiento en las que una línea tiene un inhibidor del punto de control inmunitario.

Investigador Principal: REGINA GIRONÉS SARRIÓ

AV-951-20-304 . 2022

Estudio fase III, randomizado, abierto con savolitinib en combinación con osimertinib versus quimioterapia basada en doblete de platino en participantes con cáncer de pulmón no microcítico localmente avanzado o metastásico con mutación EGFR y MET positivo y que la enfermedad ha progresado tras haber recibido tratamiento con osimertinib (SAFFRON)

Investigador Principal: ÓSCAR JOSÉ JUAN VIDAL

D5087C00001 . 2022

Estudio de fase 1, abierto sobre GSK3745417 intravenoso para evaluar la seguridad, tolerabilidad, farmacocinética, farmacodinámica y determinar la DRP2 y la pauta posológica en participantes con neoplasias malignas mieloides en recaída o refractarias, incluyendo leucemia mieloide aguda (LMA) y síndrome mielodisplásico de alto riesgo (SMD-dAR).

Investigador Principal: PAU MONTESINOS FERNÁNDEZ

209809 . 2022

Estudio en fase Ib de escalada de dosis y ampliación de la dosis para evaluar la seguridad, la farmacocinética y la actividad antitumoral de furmonertinib en pacientes con cáncer de pulmón no microcítico (CPNM) avanzado o metastásico con mutaciones activadoras del EGFR o mutaciones de HER2, incluyendo mutaciones de inserción en el exón 20.

Investigador Principal: ÓSCAR JOSÉ JUAN VIDAL

FURMO-002 . 2022

Estudio en fase II, abierto y multicéntrico de la combinación de RMC-4630 y sotorasib para pacientes con cáncer de pulmón no microcítico (CPNM) con mutación KRASG12C tras el fracaso de tratamientos estándar previos

Investigador Principal: ÓSCAR JOSÉ JUAN VIDAL

RMC-4630-03 . 2022

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