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Comparison of protocols and RNA carriers for plasma miRNA isolation. Unraveling RNA carrier influence on miRNA isolation
Fecha de publicación:
Autores de IIS La Fe
Grupos
Abstract
microRNAs are promising biomarkers in biological fluids in several diseases. Different plasma RNA isolation protocols and carriers are available, but their efficiencies have been scarcely compared. Plasma microRNAs were isolated using a phenol and column-based procedure and a column-based procedure, in the presence or absence of two RNA carriers (yeast RNA and MS2 RNA). We evaluated the presence of PCR inhibitors and the relative abundance of certain microRNAs by qRT-PCR. Furthermore, we analyzed the association between different isolation protocols, the relative abundance of the miRNAs in the sample, the GC content and the free energy of microRNAs. In all microRNAs analyzed, the addition of yeast RNA as a carrier in the different isolation protocols used gave lower raw Cq values, indicating higher microRNA recovery. Moreover, this increase in microRNAs recovery was dependent on their own relative abundance in the sample, their GC content and the free-energy of their own most stable secondary structure. Furthermore, the normalization of microRNA levels by an endogenous microRNA is more reliable than the normalization by plasma volume, as it reduced the difference in microRNA fold abundance between the different isolation protocols evaluated. Our thorough study indicates that a standardization of pre- and analytical conditions is necessary to obtain reproducible inter-laboratory results in plasma microRNA studies.
Datos de la publicación
- ISSN/ISSNe:
- 1932-6203, 1932-6203
- Tipo:
- Article
- Páginas:
- -
- Factor de Impacto:
- 1,164 SCImago ℠
Plos One PUBLIC LIBRARY SCIENCE
Citas Recibidas en Web of Science: 33
Documentos
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Filiaciones
Keywords
- CIRCULATING MICRORNAS; NORMALIZATION STRATEGIES; ENDOMETRIAL CANCER; SERUM SAMPLES; EXPRESSION; QUANTIFICATION; IDENTIFICATION; EXTRACTION; PATHOGENESIS; BIOMARKER
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Cita
Ramon LA,Martos L,Fernandez A,Oto J,Medina P,Espana F,Navarro S. Comparison of protocols and RNA carriers for plasma miRNA isolation. Unraveling RNA carrier influence on miRNA isolation. PLoS One. 2017. 12. (10):e0187005. IF:2,766. (1).