Functional assays of non-canonical splice-site variants in inherited retinal dystrophies genes.

Fecha de publicación: 07/01/2022 Fecha Ahead of Print: 07/01/2022

Autores de IIS La Fe

Grupos

Biomedicina Molecular, Celular y Genómica

Leader

José María Millán Salvador
Hematología y Hemoterapia

Investigador Principal

Javier De La Rubia Comos
Unidad mixta de investigación en enfermedades raras (CIPF)

Leader

José María Millán Salvador

Abstract

Inherited retinal dystrophies are a group of disorders characterized by the progressive degeneration of photoreceptors leading to loss of the visual function and eventually to legal blindness. Although next generation sequencing (NGS) has revolutionized the molecular diagnosis of these diseases, the pathogenicity of some mutations casts doubts. After the screening of 208 patients with a panel of 117 genes, we obtained 383 variants that were analysed in silico with bioinformatic prediction programs. Based on the results of these tools, we selected 15 variants for their functional assessment. Therefore, we carried out minigene assays to unveil whether they could affect the splicing of the corresponding gene. As a whole, seven variants were found to induce aberrant splicing in the following genes: BEST1, CACNA2D4, PRCD, RIMS1, FSCN2, MERTK and MAK. This study shows the efficacy of a workflow, based on the association of the Minimum Allele Frequency, family co-segregation, in silico predictions and in vitro assays to determine the effect of potential splice site variants identified by DNA-based NGS. These findings improve the molecular diagnosis of inherited retinal dystrophies and will allow some patients to benefit from the upcoming gene-based therapeutic strategies.

Datos de la publicación

ISSN/ISSNe:: 2045-2322, 2045-2322
Tipo:: Article
Páginas:: 68-68
DOI:: 10.1038/s41598-021-03925-1
Factor de Impacto:: 1,005 SCImago ℠
Cuartil:: Q1 SCImago ℠

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Keywords

MACULAR DYSTROPHY; FSCN2; MUTATIONS; FASCIN; ABCA4; DEGENERATION; DISEASE

Campos de estudio

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