Methylation of tumor suppressor genes is related with copy number aberrations in breast cancer

Fecha de publicación:

Autores de IIS La Fe

Participantes ajenos a IIS La Fe

  • Egoavil C
  • Alenda C
  • Juan MJ

Grupos

Abstract

This study investigates the relationship of promoter methylation in tumor suppressor genes with copynumber aberrations (CNA) and with tumor markers in breast cancer (BCs). The study includes 98 formalin fixed paraffin-embedded BCs in which promoter methylation of 24 tumour suppressor genes were assessed by Methylation-Specific Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MS-MLPA), CNA of 20 BC related genes by MLPA and ER, PR, HER2, CK5/6, CK18, EGFR, Cadherin-E, P53, Ki-67 and PARP expression by immunohistochemistry (IHC). Cluster analysis classed BCs in two groups according to promoter methylation percentage: the highly-methylated group (16 BCs), containing mostly hyper-methylated genes, and the sparsely-methylated group (82 BCs) with hypomethylated genes. ATM, CDKN2A, VHL, CHFR and CDKN2B showed the greatest differences in the mean methylation percentage between these groups. We found no relationship of the IHC parameters or pathological features with methylation status, except for Catherin-E (p = 0.008). However the highly methylated BCs showed higher CNA proportion than the sparsely methylated BCs (p < 0.001, OR = 1.62; IC 95% [1.26, 2.07]). CDC6, MAPT, MED1, PRMD14 and AURKA showed the major differences in the CNA percentage between the two groups, exceeding the 22%. Methylation in RASSF1, CASP8, DAPK1 and GSTP1 conferred the highest probability of harboring CNA. Our results show a new link between promoter methylation and CNA giving support to the importance of methylation events to establish new BCs subtypes. Our findings may be also of relevance in personalized therapy assessment, which could benefit the hyper methylated BC patients group.

Datos de la publicación

ISSN/ISSNe:
2156-6976, 2156-6976

American Journal of Cancer Research  E-CENTURY PUBLISHING CORP

Tipo:
Article
Páginas:
375-385
DOI:
Enlace a otro recurso:
europepmc.org
Factor de Impacto:
0,685 SCImago
Cuartil:
Q3 SCImago

Citas Recibidas en Web of Science: 17

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Keywords

  • Breast cancer; promoter methylation; copy number aberrations; immunochemistry

Campos de estudio

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D699BC00001 . 2012

ESTUDIO DE FASE II, MULTICÉNTRICO, DOBLE CIEGO, RANDOMIZADO, EN DOS PARTES, PARA EVALUAR LA EFICACIA Y LA SEGURIDAD DE PERTUZUMAB EN COMBINACIÓN CON QUIMIOTERAPIA ESTÁNDAR FRENTE A PLACEBO MÁS QUIMIOTERAPIA ESTÁNDAR, EN MUJERES CON CÁNCER EPITELIAL DE OVARIO RECURRENTE, RESISTENTE A PLATINO, CON EXPRESIÓN BAJA DE HER3 EN ARNM.

Investigador Principal: ANA SANTABALLA BERTRÁN

MO28113 . 2012

ESTUDIO FASE III DE PALBOCICLIB (PD-0332991) EN COMBINACIÓN CON EXEMESTANO FRENTE A QUIMIOTERAPIA (CAPECITABINA) EN PACIENTES CON CÁNCER DE MAMA AVANZADO (CMA) CON RECEPTORES HORMONALES (RH) POSITIVOS Y HER2 NEGATIVO CON RESISTENCIA A INHIBIDORES DE AROMA TASA NO-ESTEROIDEOS. "ESTUDIO PEARL".

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GEICAM/2013-02 . 2014

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ET-D-009-10 . 2015

ESTUDIO FASE III, MULTICÉNTRICO, ABIERTO, ALEATORIZADO, CONTROLADO, PARA EVALUAR LA EFICACIA Y LA SEGURIDAD DE OLAPARIB EN MONOTERAPIA FRENTE A LA QUIMIOTERAPIA DE ELECCIÓN DEL MÉDICO EN EL TRATAMIENTO DE PACIENTES CON CÁNCER DE MAMA METASTÁSICO CON MUTACIONES GERMINALES DE BRCA1/2.

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ENSAYO FASE III, MULTICÉNTRICO, ALEATORIZADO, DOBLE CIEGO, DE GRUPOS PARALELOS, CONTROLADO CON PLACEBO, PARA EVALUAR LA EFICACIA Y LA SEGURIDAD DE OLAPARIB FRENTE A PLACEBO COMO TRATAMIENTO ADYUVANTE DE PACIENTES CON CÁNCER DE MAMA HER2 NEGATIVO DE ALTO RIESGO Y MUTACIONES GERMINALES DE BRCA1/2, QUE HAN FINALIZADO EL TRATAMIENTO LOCAL Y LA QUIMIOTERAPIA NEOADYUVANTE O ADYUVANTE.

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PM1183-B-005-14 . 2015

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CBKM120F2302 . 2012

ESTUDIO FASE II ALEATORIZADO DE DOBLE CIEGO DE LA COMBINACIÓN DE SANDOSTATINA LAR CON AXITINIB VS SANDOSTATINA LAR CON PLACEBO EN PACIENTES CON CARCINOMAS NEUROENDOCRINOS AVANZADOS Y BIEN DIFERENCIADOS DE ORIGEN NO PANCREÁTICO (CARCINOIDES).

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ESTUDIO OBSERVACIONAL PROSPECTIVO Y MULTICÉNTRICO PARA LA IDENTIFICACIÓN DE BIOMARCADORES PRONÓSTICOS Y PREDICTORES DE RESPUESTA A SUNITINIB EN PACIENTES CON TUMORES BIEN O MODERADAMENTE DIFERENCIADOS DE ISLOTES PANCREÁTICOS CON ENFERMEDAD METASTÁSICA EN PROGRESIÓN.

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SAL-SUN-2011-01 . 2013

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GBG-78-BIG-1-13-NSABP-B-54-1 . 2014

ESTUDIO EN FASE III ABIERTO, ALEATORIZADO, MULTICÉNTRIDO, ESTRATIFICADO, DE COMPARADOR ACTIVO Y DE GRUPOS PARALELOS PARA COMPARAR EL TRATAMIENTO CON 177LU-DOTA0-TYR3-ACETATO DE OCTREOTIDA FRENTE A OCTREOTIDA DE ACCIÓN PROLONGADA EN PACIENTES CON TUMORES CARCINOIDES DEL INTESTINO MEDIO IRRESECABLES, PROGRESIVOS, POSITIVOS PARA RECEPTORES DE SOMATOSTATINA.

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AAA-III-01 . 2013

ESTUDIO MULTICÉNTRICO, DOBLE CIEGO, RANDOMIZADO, CONTROLADO CON PLACEBO, PARACOMPARAR QUIMIOTERAPIA MÁS TRASTUZUMAB Y PLACEBO CON QUIMIOTERAPIA MÁS TRASTUZUMAB Y PERTUZUMAB, COMO TRATAMIENTO ADYUVANTE EN PACIENTES CON CÁNCER DE MAMA PRIMARIO HER2-POSITIVO OPERABLE.

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BIG4-11/BO25126/TOC4939G . 2012

ENSAYO CLÍNICO FASE II ALEATORIZADO, ABIERTO Y MULTICÉNTRICO, PARA DETERMINAR LA TOXICIDAD Y EFICACIA DE QUIMIOTERAPIA PRE-QUIRÚRGICA CON O SIN BEVACIZUMAB EN PACIENTES CON CÁNCER DE OVARIO AVANZADO.

Investigador Principal: ANA SANTABALLA BERTRÁN

GEICO-1205 . 2014

ENSAYO EN FASE III, MULTICENTRICO, RANDOMIZADO, COMPARATIVO DE DOCEXATEL EN COMBINACION CON DOXORUBICINA Y CICLOFOSFAMIDA (TAC) FRENTE A 5-FLUOROURACILO EN COMBINACION CON DOXORUBICINA Y CICLOSFOSFAMIDA (FAC) COMO TRATAMIENTO ADYUVANTE EN PACIENTES CON CA NCER DE MAMA OPERABLE CON GANGLIOS AXILARES NEGATIVOS (N0) Y CRITERIOS DE ALTO RIESGO.

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TAX.ES1.301

ENSAYO FASE III MULTICÉNTRICO, RANDOMIZADO COMPARANDO 6 CICLOS DE RÉGIMEN FAC (FLUOROURACILO, DOXORRUBICINA, Y CICLOFOSFAMIDA) CON 4 CICLOS DE RÉGIMEN FAC SEGUIDO DE 8 ADMINISTRACIONES DE TAXOL SEMANAL EN RÉGIMEN SECUENCIAL, COMO TRATAMIENTO ADYUVANTE DE PACIENTES CON CÁNCER DE MAMA OPERADO Y SIN AFECTACIÓN AXILAR.

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GEICAM/2003-02

ENSAYO CLÍNICO MULTICÉNTRICO FASE IV.III, RANDOMIZADO PARA LA COMPARACIÓN DE LA COMBINACIÓN DE EPIRUBICINA Y CICLOFOSFAMIDA (EC) SEGUIDO DE DOCETAXEL (T) CON EPIRUBICINA Y DOCETAXEL (ET) SEGUIDO DE CAPECITABINA (X) EN EL TRATAMIENTO ADYUVANTE DE PACIENTES CON CÁNCER DE MAMA OPERABLE Y GANGLIOS LINFÁTICOS AXILARES POSITIVOS.

Investigador Principal: ANA SANTABALLA BERTRÁN

GEICAM/2003-10

ESTUDIO MULTICENTRICO FASE II DE DISTRIBUCION ALEATORIA, PARA EVALUAR LA EFICACIA DE TRATAMIENTO NEOADYUVANTE SELECTIVO SEGUN SUBTIPO INMUNOHISTOQUIMICO EN CANCER DE MAMA HER2 NEGATIVO.

Investigador Principal: ANA SANTABALLA BERTRÁN

GEICAM/2006-03

ESTUDIO DE FASE III PARA EVALUAR LA EFICACIA Y LA SEGURIDAD DE PAZOPANIB EN MONOTERAPIA FRENTE A PLACEBO ENTRE MUJERES CON CANCER EPITELIAL DE OVARIO, DE TROMPA DE FALOPIO O PERITONEAL PRIMARIO QUE NO HAYAN PROGRESADO DESPUES DE LA QUIMIOTERAPIA DE PRIMER A LINEA

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AGO-OVAR16/VEG110655 . 2010

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BO25734

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Investigador Principal: ANA SANTABALLA BERTRÁN

MO27782 . 2012

ESTUDIO FASE II ABIERTO DE KETOCONAZOL COMO INHIBIDOR DE LA ENZIMA CYP17 EN CÁNCER DE LA GRANULOSA OVÁRICA LOCALMENTE AVANZADO O DISEMINADO. ESTUDIO GREKO.

Investigador Principal: ANA SANTABALLA BERTRÁN

GETHI-2011-03

ENSAYO CLÍNICO FASE III, MULTICÉNTRICO ALEATORIZADO PARA COMPARAR LA EFICACIA DE LA ADICIÓN DE CIRUGÍA DE CITORREDUCCIÓN A LA QUIMIOTERAPIA FRENTE A LA QUIMIOTERAPIA EXCLUSIVA EN EL CÁNCER DE OVARIO RECIDIVADO SENSIBLE A PLATINO.

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GEI-CIR-2011-01

ANÁLISIS COMBINADO DEL ESTUDIO DE ASOCIACIÓN DE GENOMA COMPLETO GWAS (GENOME-WIDE ASSOCIATION STUDY) Y ESTUDIO DE MICROARN (MIARN) PARA LA IDENTIFICACIÓN DE FACTORES PREDICTIVOS DE EFICACIA A LA TERAPIA CON BEVACIZUMAB EN PACIENTES CON CÁNCER DE MAMA METASTÁSICO.

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GEI-BEV-2011-01

ESTUDIO DE EVALUACION DE LA HIPERTENSIÓN ARTERIAL COMO FACTOR PREDICTIVO DE EFICACIA A BEVACIZUMAB (BV) ASOCIADO A QUIMIOTERAPIA (QT) EN CANCER COLORRECTAL METASTASICO (CCRM) Y EN CÁNCER DE MAMA METASTÁSICO (CMM).

Investigador Principal: ANA SANTABALLA BERTRÁN

GEI-BEV-2011-02 . 2012

CARACTERIZACIÓN DE LA EXPRESIÓN GÉNICA EN TUMORES NEUROENDOCRINOS GASTROENTEROPANCREÁTICOS Y SU CORRELACIÓN CON ASPECTOS CLÍNICOS Y DE COMPORTAMIENTO DEL TUMOR.

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GEI-QUI-2012-01

ESTUDIO DE FASE 3, ALEATORIZADO Y DOBLE CIEGO PARA COMPARAR VINTAFOLIDA (EC145) Y DOXORUBICINA LIPOSÓMICA PEGILADA (DLP/DOXIL®/CAELYX®) EN COMBINACIÓN FRENTE A DLP EN PACIENTES CON CÁNCER DE OVARIO RESISTENTE AL PLATINO.

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ENSAYO CLÍNICO FASE II, ALEATORIZADO, PARA EVALUAR LA EFICACIA DEL TRATAMIENTO NEOADYUVANTE CON PACLITAXEL SEMANAL MÁS NERATINIB O TRASTUZUMAB O LA COMBINACIÓN DE NERATINIB Y TRASTUZUMAB SEGUIDO DE DOXORRUBICINA Y CICLOFOSFAMIDA Y DE TRASTUZUMAB POSTOPERA TORIO EN MUJERES CON CÁNCER DE MAMA HER2-POSITIVO LOCALMENTE AVANZADO.

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