Multi-omics HeCaToS dataset of repeated dose toxicity for cardiotoxic & hepatotoxic compounds.

Data de publicació:

Autors de IIS La Fe

Autors aliens a IIS La Fe

  • Verheijen, Marcha
  • Sarkans, Ugis
  • Wolski, Witold
  • Jennen, Danyel
  • Caiment, Florian
  • Kleinjans, Jos

Grups d'Investigació

Abstract

The data currently described was generated within the EU/FP7 HeCaToS project (Hepatic and Cardiac Toxicity Systems modeling). The project aimed to develop an in silico prediction system to contribute to drug safety assessment for humans. For this purpose, multi-omics data of repeated dose toxicity were obtained for 10 hepatotoxic and 10 cardiotoxic compounds. Most data were gained from in vitro experiments in which 3D microtissues (either hepatic or cardiac) were exposed to a therapeutic (physiologically relevant concentrations calculated through PBPK-modeling) or a toxic dosing profile (IC20 after 7 days). Exposures lasted for 14 days and samples were obtained at 7 time points (therapeutic doses: 2-8-24-72-168-240-336 h; toxic doses 0-2-8-24-72-168-240 h). Transcriptomics (RNA sequencing & microRNA sequencing), proteomics (LC-MS), epigenomics (MeDIP sequencing) and metabolomics (LC-MS & NMR) data were obtained from these samples. Furthermore, functional endpoints (ATP content, Caspase3/7 and O2 consumption) were measured in exposed microtissues. Additionally, multi-omics data from human biopsies from patients are available. This data is now being released to the scientific community through the BioStudies data repository ( https://www.ebi.ac.uk/biostudies/ ).

Dades de la publicació

ISSN/ISSNe:
2052-4463, 2052-4463

Scientific Data  Nature Publishing Group

Tipus:
Article
Pàgines:
699-699
PubMed:
36376331
Factor d'Impacte:
2,468 SCImago
Quartil:
Q1 SCImago

Cites Rebudes en Web of Science: 3

Documents

  • No hi ha documents

Mètriques

Filiacions mostrar / ocultar

Keywords

  • BATCH EFFECT CORRECTION; QUALITY-CONTROL; SEQ; RNA; ALIGNMENT; DNA; DATABASE; SAMPLES; GENOME

Campos d'Estudi

Projectes associats

CREACION Y MEJORA DE INFRAESTRUCTURAS EN MEDICINA REGENERATIVA

Investigador Principal: FUNDACIÓN PARA LA INVESTIGACIÓN DEL HOSPITAL UNIVERSITARIO LA FE DE LA COMUNIDAD VALENCIANA

PLE2009-0141 ACI-PLAN E . MINISTERIO DE CIENCIA E INNOVACION; FUNDACIÓN PARA LA INVESTIGACIÓN DEL HOSPITAL UNIVERSITARIO LA FE DE LA COMUNIDAD VALENCIANA . 2009

REGISTRO MULTICÉNTRICO DE PACIENTES HOSPITALIZADOS POR INSUFICIENCIA CARDÍACA AGUDA (REDINSCOR II).

RD12/0042/0003 . INSTITUTO DE SALUD CARLOS III; FUNDACIÓN PARA LA INVESTIGACIÓN DEL HOSPITAL UNIVERSITARIO LA FE DE LA COMUNIDAD VALENCIANA . 2013

RED DE TERAPIA CELULAR (TERCEL)

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

RD12/0019/0025 . INSTITUTO DE SALUD CARLOS III; FUNDACION FORMACION E INVESTIGACIÓN SANITARIA MURCIA (IMIB); FUNDACIÓN PARA LA INVESTIGACIÓN DEL HOSPITAL UNIVERSITARIO LA FE DE LA COMUNIDAD VALENCIANA . 2013

HECATOS. HEPATIC AND CARDIAC TOXICITY SYSTEMS MODELLING.

Investigador Principal: JOSÉ VICENTE CASTELL RIPOLL

602156_HECATOS_PE_FP7-HEALTH-2013-INNOVATI . 2013

MECANISMOS MOLECULARES Y CELULARES DE LAS CELULAS MESENQUIMALES HUMANAS Y DE LAS CELULAS CARDIACAS RESIDENTES DEL ADULTO EN EL ENTORNO CARDIACO ISQUEMICO Y EL NICHO HEMATOPOYETICO.

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

PI13/00414 . INSTITUTO DE SALUD CARLOS III . 2014

PREMICAT. DESARROLO DE UNA ESTRATEGIA PARA LA PREVENCION MIOCARDICA DEL DAÑO INDUCIDO POR REPERFUSION BASADA EN EL USO DE CATETERES Y POLIMEROS TARAPEUTICOS DE NUEVA GENERACION.

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

DTS15/00079 . INSTITUTO DE SALUD CARLOS III . 2016

RESOLTEX: INVESTIGACIÓN EN EL FRACCIONAMIENTO DE ACEITES ENRIQUECIDOS CON PRECURSORES DE MEDIADORES LIPIDICOS CON ACTIVIDAD ANTI-INFLAMATORIA Y PRO-RESOLUTIVA. APLICACIÓN AL DISEÑO Y DESARROLLO DE APÓSITOS PARA TRATAMIENTO DE CICATRIZACIÓN DE HERIDAS CRÓN ICAS Y QUEMADURAS.

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

RTC-2015-4185-1 . MINISTERIO DE ECONOMIA Y COMPETITIVIDAD . 2015

DESARROLLO Y VALIDACIÓN DE UN MODELO DE ISQUEMIA MIOCÁRDICA PRECOZ MEDIANTE ESPECTROMETRÍA DE MASAS.

Investigador Principal: BEGOÑA IGUAL MUÑOZ

APM-39/15 . 2015

TERAPIAS INNOVADORAS BASADAS EN LA SOBREEXPRESION DE HIF-1ƒ¿ Y ONCOSTATINA M PARA FAVORECER LA SECRECION DE EXOSOMAS TERAPEUTICOS EN CELULAS MADRE MESENQUIMALES.

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

PI16/00107 . INSTITUTO DE SALUD CARLOS III . 2017

RED DE TERAPIA CELULAR (TERCEL).

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

RD16/0011/0004 . INSTITUTO DE SALUD CARLOS III . 2017

ANGIOGENESIS. INVESTIGACIÓN DE TERAPIAS ANGIOGÉNICAS BASADAS EN FACTOR TISULAR

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

RTC-2016-4957-1 . MINISTERIO DE ECONOMIA Y COMPETITIVIDAD . 2016

MODIFICACIÓN GENETICA DE LAS CELULAS MESENQUIMALES ESTROMALES CON OBJETO DE POTENCIAR SU CAPACIDAD TERAPEUTICA FRENTE A ENFERMEDADES ISQUEMICAS.

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

ACIF/2017/139 . CONSELLERIA DE EDUCACION . 2018

Estrategia híbrida basada en el cateterismo cardíaco y la conjugación polimérica del ácido docosahexanoico para la prevención del daño miocárdico inducido por reperfusión.

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

APOTI/2018/018 . CONSELLERIA DE EDUCACION . 2018

Modificación genética de Células Mesenquimales Estromales como método para potenciar su efecto terapéutico: Papel de las vesículas extracelulares y rutas de señalización involucradas.

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

ACIF/2019/250 . CONSELLERIA DE EDUCACION . 2019

Modelado de la Cardiotoxicidad Inducida por Antraciclinas en Pacientes Pediátricos de Cáncer: un Estudio Basado en los miRNAs.

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

ACIF/2019/257 . CONSELLERIA DE EDUCACION . 2019

Generation of a biological product based on angiogenic extracellular vesicles from genetically modified mesenchymal stem cells for the treatment of cardio-vascular diseases (gevecar).

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

PI19/00245 . INSTITUTO DE SALUD CARLOS III . 2020

MIRCATOX-PRO. Diseño y validación de un prototipo diagnóstico basado en la cuantificación de miARNs para la detección del riesgo a sufrir CArdioTOXicidad Por tRatamiento cOn antraciclinas

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

INNVAL10/19/040 . AGENCIA VALENCIANA DE LA INNOVACION (AVI) . 2019

ESTUDIO CLÍNICO PROSPECTIVO, CONTROLADO Y ALEATORIZADO, CON EVALUACIÓN ENMASCARADA, PARA COMPARAR INTRAINDIVIDUALMENTE LA EFICACIA DE SKINHEALTEX PLGA FRENTE AL TRATAMIENTO QUIRÚRGICO HABITUAL CON AUTOINJERTO EN PACIENTES CON QUEMADURAS.

Investigador Principal: MARÍA DOLORES PÉREZ DEL CAZ

SKINHEALTEX PLGA . 2018

Terapia avanzadas para la curación de heridas a nivel cardíaco y dérmico.

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

ACIF/2020/352 . CONSELLERIA DE EDUCACION . 2020

PersonalizeAF. Personalized Therapies for Atrial Fibrillation. A Translational Approach.

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

860974 . COMISION EUROPEA . 2020

Plataforma ISCIII de Biobancos y Biomodelos

Investigador Principal: JOSÉ VICENTE CERVERA ZAMORA

PT20/00179 . INSTITUTO DE SALUD CARLOS III . 2021

APOTI21. PERSONAL DE APOYO VINCULADO A UN PROYECTO DE TRANSFERENCIA TECNOLÓGICA_ MIRCATOX-GATE.

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

APOTIP/2021/043 . CONSELLERIA DE INNOVACIÓN, UNIVERSIDADES, CIENCIA Y SOCIEDAD DIGITAL . 2021

ADVANCE. Diseño y mAnufactura De VesículAs extracelulares para su uso eN alimentos funCionalEs y medicamentos

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

INNVA1/2021/29 . AGENCIA VALENCIANA DE LA INNOVACION (AVI) . 2021

ESTUDIO DE LA TOXICIDAD EN PLASMA INDUCIDA POR AGENTES QUIMIOTERÁPICOS.

Investigador Principal: JOSÉ ANASTASIO MONTERO ARGUDO

CARDIOTOX CLÍNICO

ESTUDIO SOBRE LA CICATRIZACIÓN DE LA ZONA DONANTE DE INJERTO DE PIEL PARCIAL EN PACIENTES QUEMADOS TRAS APLICACIÓN DE PLASMA RICO EN PLAQUETAS O PLASMA RICO EN FACTORES DE CRECIMIENTO FRENTE A LA FORMA TERAPÉUTICA HABITUAL.

Investigador Principal: MARÍA DOLORES PÉREZ DEL CAZ

PRPZDSKIN . 2016

Identificación de biomarcadores asociados al riesgo de sufrir patología isquémica: el papel de las vesículas extracelulares circulantes.

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

ACIF/2021/389 . CONSELLERIA DE INNOVACIÓN, UNIVERSIDADES, CIENCIA Y SOCIEDAD DIGITAL . 2021

AYUDAS MARGARITA SALAS PARA LA FORMACIÓN DE JÓVENES DOCTORES_Lusine Hakobyan

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

2022-019-1_CRC_Margarita Salas_SEPULVEDA . MINISTERIO DE UNIVERSIDADES . 2022

LIPEXMILK II - UCIE 22-24

Investigador Principal: PILAR SEPÚLVEDA SANCHIS

INNVA2/2022/1_LIPEXMILKII . 2022

Compartir la publicació