Portal de investigación
Detection of batch effects in liquid chromatography-mass spectrometry metabolomic data using guided principal component analysis
Autores de IIS La Fe
Participantes ajenos a IIS La Fe
- Pérez-Guaita D
- Solberg R
- Saugstad OD
Grupos
Abstract
Metabolomics based on liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) is a powerful tool for studying dynamic responses of biological systems to different physiological or pathological conditions. Differences in the instrumental response within and between batches introduce unwanted and uncontrolled data variation that should be removed to extract useful information. This work exploits a recently developed method for the identification of batch effects in high throughput genomic data based on the calculation of a delta statistic through principal component analysis (PCA) and guided PCA. Its applicability to LC-MS metabolomic data was tested on two real examples. The first example involved the repeated analysis of 42 plasma samples and 6 blanks in three independent batches, and the second data set involved the analysis of 101 plasma and 18 blank samples in a single batch with a total runtime of 50 h. The first and second data set were used to evaluate between and within-batch effects using the statistic, respectively. Results obtained showed the usefulness of using the delta statistic together with other approaches such as summary statistics of peak intensity distributions, PCA scores plots or the monitoring of IS peak intensities, to detect and identify instrumental instabilities in LC-MS. (C) 2014 Elsevier B.V. All rights reserved.
Datos de la publicación
- ISSN/ISSNe:
- 0039-9140, 1873-3573
- Tipo:
- Article
- Páginas:
- 442-448
- Factor de Impacto:
- 1,192 SCImago ℠
Talanta ELSEVIER SCIENCE BV
Citas Recibidas en Web of Science: 25
Documentos
- No hay documentos
Filiaciones
Keywords
- Liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS); Metabolomics; Guided principal component analysis; Batch effect
Proyectos asociados
RED DE SALUD MATERNO-INFANTIL Y DEL DESARROLLO
RD08/0072/0022 . INSTITUTO DE SALUD CARLOS III; FUNDACIÓN PARA LA INVESTIGACIÓN DEL HOSPITAL UNIVERSITARIO LA FE DE LA COMUNIDAD VALENCIANA . 2008
RED DE BIOBANCOS (BIOBANCOS)
RD09/0076/00021 . INSTITUTO DE SALUD CARLOS III; FUNDACIÓN PARA LA INVESTIGACIÓN DEL HOSPITAL UNIVERSITARIO LA FE DE LA COMUNIDAD VALENCIANA . 2010
INMADUREZ HEPATICA Y VARIABILIDAD DE LA RESPUESTA AL IBUPROFENO EN EL DUCTUS ARTERIOSO PERSISTENTE (DAP) DEL PREMATURO. ESTUDIO DE LA ACTIVIDAD CYP-450 EN PREMATUROS.
Investigador Principal: MÁXIMO VENTO TORRES
AP-203/10 . 2010
REPERCUSIONES DE LOS PROCEDIMIENTOS DOLOROSOS DE ENFERMERIA SOBRE LA ESTABILIDAD DEL PREMATURO EN UNA UCIN EN FUNCION DEL CICLO DE SUEÑO
Investigador Principal: PILAR SÁENZ GONZÁLEZ
EV.TEC: 016/2010 . 2010
PROTECCION FRENTE AL ESTRES OXIDATIVO DE LOS PREMATUROS ALIMENTADOS CON LECHE MATERNA DONADA PROCESADA EN EL BANCO DE LECHE DEL HOSPITAL LA FE
Investigador Principal: MARÍA JOSÉ GORMAZ MORENO
GE-006/10 . 2010
ALTERACIONES METABONOMICAS EN EL PREMATURO EXTREMO DEPENDIENTES DE LA CARGA DE OXIGENO RECIBIDA EN LA REANIMACION POSTNATAL: UN ESTUDIO PROSPECTIVO ALEATORIZADO.
Investigador Principal: MÁXIMO VENTO TORRES
PI11/00313 . INSTITUTO DE SALUD CARLOS III . 2012
UTILIDAD DEL TRATAMIENTO TOCOLITICO DE MANTENIMIENTO EN EL MANEJO DE LA AMENAZA DE PARTO PREMATURO (APP)
Investigador Principal: MÁXIMO VENTO TORRES
EC11-246 . 2012
MULTICENTER, RANDOMIZED, BLINDED CLINICAL STUDY COMPARING EARLY USE OF TOTAL BODY MODERATE HYPOTHERMIA PLUS TOPIRAMATE OR PLACEBO IN ASPHYXIATED NEWBORN INFANTS EVOLVING TO MODERATE-TO-SEVERE HYPOXIC ISCHEMIC ENCEPHALOPATHY
Investigador Principal: MÁXIMO VENTO TORRES
EC11-244 . INSTITUTO DE SALUD CARLOS III; FUNDACIÓN PARA LA INVESTIGACIÓN DEL HOSPITAL UNIVERSITARIO LA FE DE LA COMUNIDAD VALENCIANA . 2012
AYUDA PREDOCTORAL DE FORMACION EN INVESTIGACION
FI12/00109 . INSTITUTO DE SALUD CARLOS III; FUNDACIÓN PARA LA INVESTIGACIÓN DEL HOSPITAL UNIVERSITARIO LA FE DE LA COMUNIDAD VALENCIANA . 2012
EFECTO DE LA MODULACION DEL FACTOR INDUCIBLE POR HIPOXIA (HIF) SOBRE LA DEGENERACION RETINIANA EN RETINOSIS PIGMENTARIA
Investigador Principal: REGINA RODRIGO NICOLÁS
PI12/00481 . INSTITUTO DE SALUD CARLOS III; FUNDACIÓN PARA LA INVESTIGACIÓN DEL HOSPITAL UNIVERSITARIO LA FE DE LA COMUNIDAD VALENCIANA . 2013
RED DE SALUD MATERNO INFANTIL Y DEL DESARROLLO
Investigador Principal: MÁXIMO VENTO TORRES
RD12/0026/0012 . INSTITUTO DE SALUD CARLOS III; FUNDACIÓN PARA LA INVESTIGACIÓN DEL HOSPITAL UNIVERSITARIO LA FE DE LA COMUNIDAD VALENCIANA . 2013
CONTRATO POST FSE (RIO HORTEGA)
CM12/00187 . INSTITUTO DE SALUD CARLOS III; FUNDACIÓN PARA LA INVESTIGACIÓN DEL HOSPITAL UNIVERSITARIO LA FE DE LA COMUNIDAD VALENCIANA . 2013
CONTRATO POSTDOCTORAL DE INVESTIGACION SARA BORELL
CD12/00667 . INSTITUTO DE SALUD CARLOS III; FUNDACIÓN PARA LA INVESTIGACIÓN DEL HOSPITAL UNIVERSITARIO LA FE DE LA COMUNIDAD VALENCIANA . 2013
BIOMARCADORES DEL ESTRÉS OXIDATIVO Y LA REGULACIÓN REDOX COMO INDICADORES DEL DESARROLLO NEUROLÓGICO EN RECIÉN NACIDOS PREMATUROS REANIMADOS CON DIFERENTES CONCENTRACIONES DE OXÍGENO AL NACER
2013_0282_CRC_SERVERO_OCHOA_CHAFER . AYUNTAMIENTO DE VALENCIA . 2014
ENSAYO CLÍNICO MULTICÉNTRICO, ALEATORIZADO, DOBLE CIEGO Y CONTROLADO POR PLACEBO, COMPARANDO EL USO DE LA HIPOTERMIA CORPORAL TOTAL MODERADA PRECOZ CON TOPIRAMATO O CON PLACEBO EN RECIÉN NACIDOS ASFIXIADOS EVOLUCIONANDO A ENCEFALOPATÍA HIPÓXICO ISQUÉMICA MODERADA A SEVERA.
Investigador Principal: MÁXIMO VENTO TORRES
1645-CI-058 (HYPOTOP) . 2013
MONITORIZACIÓN DE LA FUNCIÓN RESPIRATORIA DURANTE LA ESTABILIZACIÓN DE LOS RECIÉN NACIDOS PRETÉRMINO (RNPT) AL NACIMIENTO, EN RELACIÓN CON LA CARGA DE OXÍGENO Y EL ESTRÉS OXIDATIVO: ENSAYO CLÍNICO ALEATORIZADO.
Investigador Principal: MÁXIMO VENTO TORRES
12.295 . 2015
IMPACTO DEL ECMO SOBRE LA FARMACOCINÉTICA DE LA ANIDULAFUNGINA.
Investigador Principal: FRANCISCA PÉREZ ESTEBAN
PFI-ANI-2013-01
Cita
Kuligowski J,Pérez D,Lliso I,Escobar J,León Z,Gombau L,Solberg R,Saugstad OD,Vento M,Quintás G. Detection of batch effects in liquid chromatography-mass spectrometry metabolomic data using guided principal component analysis. Talanta. 2014. 130. p. 442-448. IF:3,545. (1).