A novel self-learning framework for bladder cancer grading using histopathological images.

Autors de IIS La Fe
Autors aliens a IIS La Fe
- Garcia, G
- Esteve, A
- Colomer, A
- Naranjo, V
Abstract
In recent times, bladder cancer has increased significantly in terms of incidence and mortality. Currently, two subtypes are known based on tumour growth: non-muscle invasive (NMIBC) and muscle-invasive bladder cancer (MIBC). In this work, we focus on the MIBC subtype because it has the worst prognosis and can spread to adjacent organs. We present a self-learning framework to grade bladder cancer from histological images stained by immunohistochemical techniques. Specifically, we propose a novel Deep Convolutional Embedded Attention Clustering (DCEAC) which allows for the classification of histological patches into different levels of disease severity, according to established patterns in the literature. The proposed DCEAC model follows a fully unsupervised two-step learning methodology to discern between non-tumour, mild and infiltrative patterns from high-resolution 512 × 512 pixel samples. Our system outperforms previous clustering-based methods by including a convolutional attention module, which enables the refinement of the features of the latent space prior to the classification stage. The proposed network surpasses state-of-the-art approaches by 2-3% across different metrics, reaching a final average accuracy of 0.9034 in a multi-class scenario. Furthermore, the reported class activation maps evidence that our model is able to learn by itself the same patterns that clinicians consider relevant, without requiring previous annotation steps. This represents a breakthrough in MIBC grading that bridges the gap with respect to training the model on labelled data.
Dades de la publicació
- ISSN/ISSNe:
- 0010-4825, 1879-0534
- Tipus:
- Article
- Pàgines:
- 104932-104932
- PubMed:
- 34673472
- Factor d'Impacte:
- 1,309 SCImago ℠
- Quartil:
- Q1 SCImago ℠
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD
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Keywords
- Bladder cancer, Deep clustering, Histopathological images, Immunohistochemical staining, Self-learning, Tumour budding, Unsupervised learning
Projectes associats
ESTUDIO OBSERVACIONAL, RETROSPECTIVO, MULTICENTRICO PARA EVALUAR LOS RESULTADOS DEL TRATAMIENTO DEL VHC CON ANTIVIRALES DE ACCION DIRECTA DE ULTIMA GENERACION EN TRASPLANTADOS RENALES DE CENTROS ESPAÑOLES.
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SAT-AZA-2016-01 . 2017
ESTUDIO ALEATORIZADO, DE GRUPOS PARALELOS, DOBLE CIEGO, CONTROLADO CON PLACEBO Y MULTICÉNTRICO DE ECULIZUMAB PARA LA PREVENCIÓN DE LA FUNCIÓN RETARDADA DEL INJERTO DESPUÉS DEL TRASPLANTE RENAL EN PACIENTES ADULTOS CON RIESGO ELEVADO DE FUNCIÓN RETARDADA D EL INJERTO.
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ECU-DGF-201 . 2015
ENSAYO MULTICENTRICO, ALEATORIZADO, ABIERTO QUE COMPARA LA EFICACIA Y SEGURIDAD DE UN REGIMEN INMUNOSUPRESOR BASADO EN BASILIXIMAB, INTRODUCCION INMEDIATA DE DOSIS REDUCIDAS DE TACROLIMUS DE LIBERACION PROLONGADA, MICOFENOLATO SODICO Y ESTEROIDES VERSUS BASILIXIMAB, INTRODUCCION RETARDADA DE DOSIS REDUCIDAS DE TACROLIMUS DE LIBERACION PROLONGADA, MICOFENOLATO SODICO Y ESTEROIDES EN PACIENTES AÑOSOS TRASPLANTADOS RENALES
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ASSTRO . 2011
ESTUDIO RETROSPECTIVO, MULTICÉNTRICO, PARA EVALUAR LOS FACTORES QUE INFLUYEN EN LA SUPERVIVENCIA EN PACIENTES CON UN TRASPLANTE DE PÁNCREAS.
Investigador Principal: ISABEL BENEYTO CASTELLO
AST-TRA-2013-01
EVALUACION ALEATORIZADA, ABIERTA Y COMPARATIVA DE LA SEGURIDAD Y EFICACIA DE SIROLIMUS FRENTE A CICLOSPORINA EN SU COMBINACION EN UN REGIMEN QUE CONTIENE BASILIXIMAB, MICOFENOLATO MOFETILO Y CORTICOIDES EN RECEPTORES DE ALOTRANSPLANTE RENAL PRIMARIO DE NOVO.
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0468H1-318-WW
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0468H1-316-EU
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Investigador Principal: JAIME SANCHEZ PLUMED
ELITE-SYMPHONY
ESTUDIO PILOTO PARA EVALUAR LA EFICACIA Y SEGURIDAD DE VALSARTAN PARA EL CONTROL DE LA PROGRESION DE LA INSUFICIENCIA RENAL Y LA MORBILIDAD CARDIOVASCULAR EN PACIENTES CON TRANSPLANTE RENAL FUNCIONANTE CON PROTEINURIA E INSUFICIENCIA RENAL LEVE O MODERADA
Investigador Principal: JAIME SANCHEZ PLUMED
TRASVAL
ESTUDIO MULTICENTRICO, ALEATORIZADO, ABIERTO, CON GRUPOS PARALELOS, DE 12 MESES DE SEGUIMIENTO, PARA EVALUAR LA FUNCION RENAL Y LA EFICACIA DE CERTICAN (EVEROLIMUS) CON SIMULTEC (BASILIXIMAB), ESTEROIDES Y UNA PAUTA DE RETIRADA DE CICLOSPORINA A LOS TRESMESES POST-TRASPLANTE VS REDUCCION, EN PACIENTES SOMETIDOS A UN TRASPLANTE RENAL DE NOVO
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CERTES02
SEGUIMIENTO A LARGO PLAZO DE ADULTOS QUE RECIBIERON ALOTRANSPLANTES DE RIÑÓN E HÍGADO Y QUE HAN PARTICIPADO PREVIAMENTE EN UN ENSAYO CON TACROLIMUS (ADVAGRAF). ESTUDIO MULTICÉNTRICO POSTERIOR A LA AUTORIZACIÓN.
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SF-RSM-HM-1
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AST-ELD-2010-01
TTV GUIDE TX-PERSONALISATION OF IMMUNOSUPPRESSION BY MONITORING VIRAL LOAD POST KIDNEY TRANSPLANTATION - A RANDOMISED CONTROLLED PHASE II TRIAL.
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896932 . COMISION EUROPEA . 2021
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ESTUDIO DE EXTENSION ALEATORIO, DOBLE CIEGO Y CONTROLADO CON PLACEBO PARA EVALUAR LOS EFECTOS DE PROTECCION RENAL DE LOSARTAN EN PACIENTES SOMETIDOS A TRASPLANTE RENAL.
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ESTUDIO PILOTO,MULTICENTRICO, CON UN SOLO GRUPO DE TRATAMIENTO, ABIERTO, DE UN AÑO DE DURACION, PARA EVALUAR LA EFICACIA Y LA SEGURIDAD DE ADICCION DE RAD001 AL TRATAMIENTO OPTIMIZADO CON SANDIMMUN NEORAL EN LA PROGRESION DE LA INSUFICIENCIA RENAL, EN PACIENTES RECEPTORES DE TRASPLANTE RENAL EN MANTENIMIENTO.
Investigador Principal: JAIME SANCHEZ PLUMED
CRAD0001IA03
ESTUDIO MULTICENTRICO, RANDOMIZADO, EN GRUPOS PARALELOS QUE COMPARA LA SEGURIDAD Y EFICACIA DE UN REGIMEN INMUNOSUPRESOR BASADO EN TACROLIMUS (FK506)/ MICOFENOLATO MOFETIL, EN COMBINACION CON DACLIZUMAD VERSUS COMBINACION TERAPIA ESTANDAR DE ESTEROIDES EN PACIENTES TRASPLANTADOS RENALES.
Investigador Principal: JAIME SANCHEZ PLUMED
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ESTUDIO PILOTO, ABIERTO, RANDOMIZADO, PARA COMPARAR LA EFICACIA Y SEGURIDAD DE LA ELIMINACION DE TACROLIMUS CON L EFICACIA Y LA SEGURIDAD DE LA REDUCCION DE LA DOSIS DE TACROLIMUS EN RECEPTORES DE ALOINJERTOS RENALES DE NOVO QUE RECIBEN SIROLIMUS, TACROLIMUS Y CORTICOESTEROIDES EN EL PERIODO POSTOPERATORIO.
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0468E1-100520
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LESTX-ES-01
ESTUDIO EXPLORATORIO, MULTICENTRICO, ALEATORIZADO, ABIERTO CON GRUPOS PARALELOS PARA EVALUAR LA SEGURIDAD Y EFICACIA DE SIMULECT (BASILIXIMAB) EN COMBINACION CON ESTEROIDES, MICOFENOLATO MOFETIL Y DIFERENTES PAUTAS DE INICIO DE SANDIMMUN NEORAL (CICLOSPORINA) MONITORIZADA MEDIENTE LOS NIVELES DE C-2, EN PACIENTES RECEPTORES DE TRASPLANTE RENAL DE NOVO CON UN ELEVADO RIESGO DE RETRASO DE LA RECUPERACION DE LA FUNCION DEL INJERTO.
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USO DE DACLIZUMAB (ZENAPAX) Y MICOFENOLATO MOFETIL (CELLCEPT) EN COMBINACION CON CORTICOESTEROIDES Y NEORAL (DOSIS BAJAS VS DOSIS BAJAS SEGUIDA DE RETIRADA COMPLETA) PARA OPTIMIZAR LA FUNCION RENAL EN RECEPTORES DE ALOINJERTO.
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ENSAYO MULTICENTRICO, PROSPECTIVO, ALEATORIZADO Y ABIERTO DE MYFORTIC (ERL080) CON RETIRADA DE ESTEROIDES VS MYFORTIC (ERL080) CON PAUTA ESTANDAR DE ESTEROIDES PARA LA PREVENCION DE LOS APISODIOS DE RECHAZO AGUDO EN RECEPTORES DE TRANSPLANTE RENAL DE NOVO.
Investigador Principal: JAIME SANCHEZ PLUMED
MYPROMS-ES01
ESTUDIO MULTICENTRICO, ALEATORIZADO, DOBLE CIEGO, COMPARATIVO Y EN GRUPOS PARALELOS QUE EVALUA LA EFICACIA Y SEGURIDAD DE DIFERENTES CONCENTRACIONES DE FK778 EN COMBINACION CON TACROLIMUS (FK506) Y ESTEROIDES FRENTE A UNA PAUTA CONVENCIONAL DE TACROLIMUS, MMF Y ESTEROIDES EN PACIENTES TRANSPLANTADOS RENALES.
Investigador Principal: JAIME SANCHEZ PLUMED
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Investigador Principal: JAIME SANCHEZ PLUMED
M55025
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Investigador Principal: JAIME SANCHEZ PLUMED
SATOT42005 . 2006
RECOGIDA MULTICENTRICA DE DATOS DE SEGUIMIENTO A LARGO PLAZO PARA EVALUAR LA EFICACIA Y SEGURIDAD DE TACROLIMUS (FK506)/MICOFENOLATO MOFETILO BASADO EN UNA PAUTA QUE UTILIZA DACLIZUMAB FRENTE A TRATAMIENTO ESTANDAR CON ESTEROIDES EN PACIENTES CO TRASPLANT E RENAL.
Investigador Principal: JAIME SANCHEZ PLUMED
PR(AG)12/2005
EFICACIA DE RAPAMICINA EN PREVENCION SECUNDARIA DE TUMORES CUTANEOS EN TRASPLANTADOS RENALES. ESTUDO ABIERTO, ALEATORIZADO COMPARANDO RAPIMICINA CON INHIBIDORES DE CALCINEURINA.
Investigador Principal: JAIME SANCHEZ PLUMED
TUMORAPA-1 . 2007
ESTUDIO ALEATORIZADO, ABIERTO, MULTICENTRICO Y DE GRUPOS PARALELOS, DE TRATAMIENTOS PARA TRASPLANTE RENAL BASADOS EN BELATACEPT Y LIBRE DE CORTICOSTEROIDES.
Investigador Principal: JAIME SANCHEZ PLUMED
IM103-034 . 2007
UTILIDAD DE LA RAPAMICINA PARA LA PREVENCION SECUNDARIA DE TUMORES CUTANEOS EN TRASPLANTADOS RENALES CON RECIDIVA DE CARCINOMA ESPINOCELULAR
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ESTUDIO CLINICO, MULTICENTRICO, ALEATORIZADO Y ABIERTO, CON CUATRO RAMAS DE TRATAMIENTO PARA INVESTIGAR LA DOSIS OPTIMA DE UNA PAUTA INMUNOSUPRESORA BASADA EN PROGRAF®/ ADVAGRAF® EN PACIENTES TRASPLANTADOS RENALES.
Investigador Principal: JAIME SANCHEZ PLUMED
PMR-EC-1210 . 2008
CONTROL DE LA HIPERTENSION ARTERIAL RESISTENTE EN TRASPLANTE RENAL.
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ESTUDIO EPIDEMIOLOGICO SOBRE LA SITUACION ACTUAL DE LAS ALTERACIONES DEL METABOLISMO MINERAL Y OSEO EN EL PACIENTE TRASPANTADO RENAL EN ESPAÑA (ESTUDIO EMITRAL).
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ESTUDIO OBSERVACIONAL RETROSPECTIVO DEL MANEJO DE DOSIS DE MMF VS MFS EN PACIENTES TRASPLANTADOS RENALES EN LA PRACTICA CLINICA HABITUAL
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ECONOMIC BURDEN OF POST-TRANSPLANT EVENTS IN RENAL TRANSPLANT PATIENTS IN EUROPE (PORTRAIT STUDY): A COSTING STUDY.
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IM103088
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SET-APT-2010-01
ESTUDIO OBSERVACIONAL EPIDEMIOLOGICO PROSPECTIVO MULTICENTRICO PARA EVALUAR LA INCIDENCIA DE ENFERMEDAD POR CMV Y LOS FACTORES DE RIESGO ASOCIADOS EN PACIENTES TRASPLANTADOS RENALES RECEPTOR.
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OPERA
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CHI-TAC-2016-01
DESARROLLO Y VALIDACIÓN DE LA ESCALA NEURO-SCORE FOR TRANSPLANTED PATIENTS PARA LA DETECCIÓN DEL DETERIORO COGNITIVO EN PACIENTES CON TRASPLANTE RENAL O HEPÁTICO TRATADOS CON INMUNOSUPRESORES.
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CHI-TRA-2020-01 . 2021
ESTUDIO MULTICÉNTRICO SOBRE EL USO DE AGONISTA DEL RECEPTOR DEL PÉPTIDO SIMILAR AL GLUCAGÓN-1 (arGLP-1) EN PACIENTES CON TRASPLANTE RENAL Y DIABETES MELLITUS TIPO 2.
Investigador Principal: JORDI ESPÍ REIG
NEFROTIDE . 2021