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MethCORR modelling of methylomes from formalin-fixed paraffin-embedded tissue enables characterization and prognostication of colorectal cancer
Data de publicació:
Data Ahead of Print:
Autors de IIS La Fe
Autors aliens a IIS La Fe
- Mattesen, TB
- Rasmussen, MH
- Ongen, H
- Arnadottir, SS
- Gladov, J
- Martinez-Cardus, A
- Castro de Moura, M
- Madsen, AH
- Laurberg, S
- Dermitzakis, ET
- Esteller, M
- Andersen, CL
- Bramsen, JB
Grups d'Investigació
Abstract
Transcriptional characterization and classification has potential to resolve the inter-tumor heterogeneity of colorectal cancer and improve patient management. Yet, robust transcriptional profiling is difficult using formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) samples, which complicates testing in clinical and archival material. We present MethCORR, an approach that allows uniform molecular characterization and classification of fresh-frozen and FFPE samples. MethCORR identifies genome-wide correlations between RNA expression and DNA methylation in fresh-frozen samples. This information is used to infer gene expression information in FFPE samples from their methylation profiles. MethCORR is here applied to methylation profiles from 877 fresh-frozen/FFPE samples and comparative analysis identifies the same two subtypes in four independent cohorts. Furthermore, subtype-specific prognostic biomarkers that better predicts relapse-free survival (HR=2.66, 95%CI [1.67-4.22], Pvalue <0.001 (log-rank test)) than UICC tumor, node, metastasis (TNM) staging and microsatellite instability status are identified and validated using DNA methylation-specific PCR. The MethCORR approach is general, and may be similarly successful for other cancer types.
Dades de la publicació
- ISSN/ISSNe:
- 2041-1723, 2041-1723
- Tipus:
- Article
- Pàgines:
- 2025-2025
- PubMed:
- 32332866
- Factor d'Impacte:
- 5,559 SCImago ℠
- Quartil:
- Q1 SCImago ℠
NATURE COMMUNICATIONS NATURE PUBLISHING GROUP
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Filiacions
Keywords
- SET ENRICHMENT ANALYSIS; DNA METHYLATION; VALIDATION; PREDICTION; PROGNOSIS; SIGNATURE; CARCINOMA
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